哈尔滨工程大学是211大学、还是双一流大学。全国共有115所211大学，39所985大学，黑龙江211大学名单：哈尔滨工业大学、哈尔滨工程大学、东北林业大学、东北农业大学。黑龙江985大学名单：哈尔滨工业大学。

截至2018年8月，学校设有19个学院（系、部）、本科专业56个。2022年2月，学校新增智能制造工程专业、智慧海洋技术专业。