多伦多大学有三个校区。一个是圣乔治校区（St. George campus），称为校本部。另两个是士嘉堡分校（Scarborough campus）和密西沙加分校（Mississauga campus），分别位于多伦多大学的东、西各距圣乔治学院33公里。

圣乔治校区与密西沙加校区之间每天有班车来往，交通非常便利。一般人称的多伦多大学通常指的是圣乔治校本部，它位于多伦多市中心。

此外，多伦多大学士嘉堡分校是多大除主校区外最大的直属校区，有10个学院，也是国际上最为知名的学院之一。

至于密西沙加校区，是多大第三个校区，其教学和研究水平与圣乔治校区及士嘉堡校区同步。